La gouvernance du GFF comprend deux organes mondiaux : le Comité du Fonds fiduciaire du GFF (CFF) et le Groupe des investisseurs (GI) du GFF.

Le Fonds fiduciaire du GFF est régi par le Comité du Fonds fiduciaire (CFF), qui comprend des représentants de la Banque mondiale, des gouvernements et des fondations bailleurs de fonds qui contribuent au Fonds fiduciaire du GFF. S'appuyant sur les conseils du GI du GFF, le CFF est le principal organe de décision du Fonds fiduciaire du GFF. Il supervise les priorités stratégiques du GFF et approuve l'allocation des financements pour les pays éligibles à recevoir des subventions du GFF.

Le large éventail de partenaires qui composent le GFF – notamment les ministres de la Santé, les organisations de la société civile, le secteur privé, les agences des Nations Unies, Gavi et le Fonds mondial de lutte contre le sida, la tuberculose et le paludisme, ainsi que des fondations privées – se réunissent régulièrement au niveau mondial par l'intermédiaire du Groupe des investisseurs (GI) du GFF. Le GI joue un rôle clé dans le soutien et la promotion de l'alignement et de la cohérence au niveau national pour le partenariat du GFF.

Le Secrétariat du GFF est chargé de gérer les activités quotidiennes du GFF, notamment le Fonds fiduciaire multi-bailleurs du GFF, le travail analytique et l'assistance technique aux plateformes, programmes et projets nationaux soutenus par le GFF, l'engagement avec les bailleurs de fonds mondiaux, les partenaires et les parties prenantes, le suivi des résultats et l'établissement de rapports, ainsi que la connaissance et l'apprentissage.